商业特许经营许可证未在商务主管部门备案
《特许条例》第八条规定从事特许经营的企业，必须在首次订立特许经营合同之日起15日内，向商务主管部门备案。第三十三条规定2007年5月1日前已经从事特许经营活动的特许人应当自2007年5月1日起1年内备案。第二十五条规定，特许人未依照本条例第八条的规定向商务主管部门备案的，由商务主管部门责令限期备案，处1万元以上5万元以下的罚款；逾期仍不备案的，处5万元以上10万元以下的罚款，并予以公告。
备案制度的目的在于加强对特许经营企业以及特许经营活动的监督管理，违反备案规定会导致行政责任，但不能必然导致合同无效。因为首先，特许经营合同是平等民事主体之间设立民事权利义务的活动，是当事人对于自己私权利的处分，公权力不应予以干预。其次，特许经营合同是诺成性合同，除法律另有规定或当事人另有约定外，自双方当事人达成意思表示一致时成立，而依法成立的合同，自成立时生效，法律、法规规定应当办理批准、登记手续生效的除外。《特许条例》并未规定特许经营合同需要备案才生效，因此特许人是否备案不应影响特许经营合同的效力。
商业特许经营备案特许人不符合两年一店
实践中，常有被特许人以特许人不符合《特许条例》第七条“应当拥有至少2个直营店，并且经营时间超过1年”的规定（下称“两店一年”）要求确认合同无效的情况。从立法目的解释来看，法律对从事特许经营的特许人作出“两店一年”的规定，是力图确保特许人在实际运作和经营中积累能够产生市场竞争优势的知识产权和经营经验，从而维护被特许人利益和特许经营体系的健康运行。因此，“两店一年”的规定属于管理性强制性规范，不能仅以特许人不满足“两店一年”条件的而认定合同无效。高人民法院在《关于不具备"拥有至少2个直营店并且经营时间超过1年"的特许人签订的特许经营合同是否有效的复函》中对此也予以明确。但如果特许人以欺诈手段对“两店一年”进行虚假表示或者故意隐瞒欠缺“两店一年”的情况导致被特许人做出了错误的意思表示，违背了被特许人的真实意思，可要求撤销合同。
